作者：斌是傻瓜
“橘子群岛的神奇宝贝们都发生异变了。”内木博士说道。
转移画面——小智这里
已经发现不妥的小智此时骑着快龙向火之岛飞去，而小智也放出了化石翼龙和喷火龙在一旁，避免有突发【隔离】情况。
飞船里……
此时火焰鸟在捕捉笼里拼命地挣扎着，但是却没有挣脱，在一旁看的则是那个收藏家。
“火焰鸟，你再怎么挣扎也是没用的，你等着吧，很快的...那里会有人来陪你的。”收藏家指的是火之岛。
“闪电鸟侵入火焰鸟的领域了。”电脑提醒着。
火之岛……
小智、皮卡丘、快龙（女）、化石翼龙和喷火龙来到了火之岛的圣台，是火焰鸟的神殿，而岩石中间有一颗红色的珠子。小智用力的拿出了那颗珠子，只见有红色和黄【隔离】色交夹在一起，还不断的闪动着的一颗珠子。这就是芙卢拉所说的宝藏。
拿到宝藏的小智正准备前往下一座岛，突然天空有一些电流在滋拉滋拉的响着，而发出这种声响的正是雷之神——闪电鸟。闪电鸟的电流所触碰到的岩石都变成了电的岩石，很快，火之岛变成了电气场的雷之岛。
突然，闪电鸟的电全被上空给吸走了，那正是飞船的一个机器，就是它把闪电鸟的所有电给吸走了，很快那个被电气场包围的雷之岛又重新变成了火之岛。
飞船慢慢的飞了下来，而很快闪电鸟的全部电力都被吸走了，闪电鸟暂时无法使用电气的绝招。紧接着，飞船那里飞出了两个捕捉笼，想把闪电鸟给强行捕捉。
“化石翼龙，使用破坏死光；喷火龙，喷射火焰；快龙，使用龙之吐息。”小智指挥着。
三只神奇宝贝都对着捕捉笼使出了绝招，想帮助闪电鸟，但是依然没有奏效。
“既然这样，也没有办法了，去吧，大师球。”小智对着闪电鸟扔出了大师球。
由于大师球是必定能够收服任何神奇宝贝，所以闪电鸟很容易就被小智给收服了，小智急忙走过去捡起闪电鸟。但这时，那个捕捉笼把目标锁定在小智身上，小智急忙用神奇宝贝球收回了快龙（女）、喷火龙和化石翼龙。而此时，正好小智也被捕捉笼给控制住，小智没来得及使用超能力，就被捕捉笼控制住了，小智痛苦的忍受着，无法挣脱。
装着小智捕捉笼把小智带回了飞船里面，那个收藏家坐着升降机来到了控制火焰鸟的地方，而小智也被送到了这里。那个收藏家看到小智之后非常的生气，他控制着捕捉笼，然后从小智的手中把装有闪电鸟的大师球给抢了过来，并把闪电鸟放了出来，接着派出另一个捕捉笼把闪电鸟给控制住了，而后收藏家把大师球扔在了一旁。而失去了捕捉笼的控制之后的小智和皮卡丘，收藏家一点也不重视小智，就让小智待在原地，不管他。
“看来我被你小瞧了啊，不过你会后悔的。”小智笑得有点奸。
这时新闻报道着:“发生深层海流异变的中心点，据推测应该是在橘子群岛附近的亚西亚岛。另外，不知道为了什么原因，全世界的神奇宝贝都以亚西亚岛为目标而开始移动了；水系神奇宝贝在大海中移动，无法游泳的神奇宝贝全部集中到最靠近亚西亚岛的岸边了。对于这个现象，现在我们要请问大木博士与内木博士的意见。”一个男记者采访着大木博士和内木博士。
“亚西亚岛有个传说，据传火之神、雷之神、冰之神都居住在那里，如果以科学方法来分析，被称呼为冰之神的某种力量让海面冻结的话；被称为火之神的某种生命就来融化冰块，这是在海底深处诞生海流的原因。”大木博士拿着一支笔在纸上画着，“然后呢，被搅拌的海水中，雷之神的电气又发生了作用，于是便制造出蛋白质这个生命的根源了。总而言之就是三种神明的力量均衡地互相作用，使深层海流和缓地流动而创造出这个星球的生命。深层海流的中心地是生命的诞生之地，可以说是所有生命的故乡，异变的原因是因为三种力量的关系，受到某种形式的影响失去了原有的平衡。”
“我是猜测神奇宝贝是预感到这个星球的灭亡了，以它们的力量也许没有办法改变什么，但是由于神奇宝贝们与这个星球的自然，有密切的依存关系。所以它们才会本能的感觉到自己必须做些什么事，而自然的聚集过来。”内木博士说道。飞机上除了大木博士和内木博士，还有小智的妈妈——花子。
转移画面——河马王这里
“嗯...伤脑筋耶...”河马王说道。
很快，急冻鸟在这三岛中徘徊着，小智也在飞机看到了这个场景。收藏家再次有所行动，他对着急冻鸟发出炮弹，急冻鸟快速的避开着。
“出来吧，急冻鸟、快龙、喷火龙。”小智放出了这三只神奇宝贝，“喷火龙对着控制火焰鸟的捕捉笼使用喷射火焰；快龙则使用急冻光线；急冻鸟也是一样，使用急冻光线；皮卡丘，你就使用十万伏特。”
快龙和急冻鸟都使出了急冻光线，紧接着喷火龙使出的喷射火焰跟着来了，因为火遇冰，发生了溶解，并且火再与水接触产生氢气，最后皮卡丘使用的十万伏特使之产生了爆炸。那个控制火焰鸟的捕捉笼被小智的神奇宝贝们给击碎了，逃脱出来的火焰鸟对着控制闪电鸟的捕捉笼使出了喷射火焰，一下子那个捕捉笼就坏了。最后火焰鸟和闪电鸟看了一下小智的急冻鸟之后，对着飞船使出十万伏特和喷射火焰，炸开了两个洞口，紧接着它们飞走了。
“快龙，我们快离开这里。”小智和皮卡丘骑着快龙和喷火龙跟急冻鸟离开了飞船。
逃脱出来的闪电鸟和火焰鸟对着飞船大肆破坏着，最后飞船失去了飞行能力，降落在了雷之岛上。最后急冻鸟攻击着火焰鸟，闪电鸟也跟着过去参加了战斗，火焰鸟则是使出强力的喷射火焰，急冻鸟使用急冻光线，跟着闪电鸟也使用了十万伏特，它们打得水火不容。
此时，从水底里出现了一条粗大的水龙卷击向了三神鸟的中间，把它们给拆开了，现在所有的地方都成冰了；这个时候，一只全身白色略带些蓝色的神奇宝贝出现在大家眼前。
“是洛奇亚。”此时赶过来的芙卢拉大声的说道，云霞也跟着过来了。
“训练家，现在让我来拖住它们，你赶快去拿剩下来的两颗宝藏。”洛奇亚用心灵感应对着小智说道。
“好，那就麻烦你了，我会让我的急冻鸟去帮助你的。”小智也用心灵感应对着洛奇亚说道，洛奇亚知道小智用心灵感应对着它说话很是惊讶，但由于时间的不允许，它没有多考虑，就去阻止那三神鸟了。
“急冻鸟，你快去帮助洛奇亚。”小智对着急冻鸟说道，紧接着就向着离他最近的雷之岛骑着快龙飞去了。
听到指挥的急冻鸟快速的飞了过去帮助洛奇亚对付三神鸟，由于急冻鸟不是认可的冰之神，也理所当然的它的实力不够那三神鸟的强大，所以急冻鸟和洛奇亚打得很辛苦。最后在小智肩上的皮卡丘对着闪电鸟叫了几句，那闪电鸟就退到了一旁，既不帮助洛奇亚也不帮助火焰鸟，处于中立状态，小智见此状感到很满意。
由于快龙是飞行最快的，所以小智很快就来到了雷之岛的神殿，然后在神殿里拿出了宝藏，也是一颗珠子，不过颜色已经变了，是黄【隔离】色的，而且里面有道小电流，在不断的旋转着。
“好，雷之岛的宝藏已经拿到了，接下来就去冰之岛，最后的宝藏就在那里了。”小智笑着说道，于是骑着快龙向着冰之岛飞了过去。
由于冰之神——急冻鸟对抗海之神——洛奇亚，火之神——火焰鸟对抗小智急冻鸟，所以洛奇亚这方落了下势。火焰鸟轻松的压制小智的急冻鸟，就在小智正前往冰之岛的途中，火焰鸟发现了小智，于是就飞向了小智并且使出了喷射火焰。
被突如其来的喷射火焰，快龙险险的避开了火焰鸟的攻击，虽然避开了，但是却被火焰鸟拖住了行动。急冻鸟见状想过来帮忙，却被火焰鸟的一记喷射火焰给逼远了。
“没办法了，火焰鸟，对不起了，去吧，大师球。”小智再次扔出了大师球。
小智没有时间去看大师球收服火焰鸟的总过程，因为小智知道大师球一定能够收服火焰鸟的，于是他就赶紧去冰之岛。
而洛奇亚则是受到很大的伤害，被冰之神——急冻鸟打成了重伤，它掉进了大海里面，现在就只剩下急冻鸟跟冰之神对抗了。
“去吧，喷火龙、化石翼龙、暴蝾螈，你们去协助急冻鸟对抗冰之神。”小智匆匆说完之后就赶紧去冰之岛，然后有很多神奇宝贝正在慢慢的靠近着，由于大海变成了冰地，所以非水系的神奇宝贝们都可以过来了。
没有了三神鸟的阻止，小智很顺利的来到了冰之岛，并且成功的拿到了冰之岛的宝藏，那个宝藏也是一颗珠子，并且外表是深蓝色，里面还有一些白色的光线在闪烁着，然后小智向着另一个神殿——也就是会说话的河马王那里。
拿到冰之岛的宝藏的小智正准备往回赶，可是却遭到急冻鸟的攻击，看来小智的那四只神奇宝贝还是没能拖住急冻鸟啊！但是，天无绝人之路，洛奇亚就在这时再次出现，捲起水龙卷挡住了急冻鸟的攻击，也可以再跟冰之神对抗。
但是，再次让小智感到一丝失望，因为那个收藏家始终没有放弃洛奇亚，对着洛奇亚发出了捕捉笼，捕捉笼成功的抓住洛奇亚，洛奇亚被捕捉笼所发出的电击击中，很难挣脱捕捉笼。洛奇亚痛苦的惨叫了一声，然后强忍着疼痛对着那个收藏家的方向使出了破坏死光，那里就发生了大爆炸，而洛奇亚也再次掉进海里，那些非神兽的神奇宝贝都大声的痛苦的叫喊着。
“得赶快了，快龙，全速前进。”小智急忙让快龙飞去另一个神殿。
这个神殿则是洛奇亚神殿，小智跑过去把这三颗珠子按照珠子所对应的岛放了下去。等三颗珠子全部放进去之后，那三颗珠子则发出了彩光，并且流出了绿色的液【隔离】体，慢慢的延伸到周围的柱子上。很快，七个柱子被这些液【隔离】体包围，最后都形成了白色的晶体。
“芙卢拉，接下来看你的了。”小智对着芙卢拉说道。
“嗯！”芙卢拉来到圣台吹起了笛子，一阵阵美【隔离】妙舒适且动听笛声向着四周扩散，刚才被小智收服的火焰鸟也从大师球里出来，所有的神奇宝贝都在享受着这美【隔离】妙的笛声。慢慢的，慢慢的，三神鸟恢复了平静，而洛奇亚也从大海里很有精神的飞了出来，它好像获得了重生一样，它们所受到的所有伤害与疲劳都没有了，所有的神奇宝贝都获得了重生。
“火焰鸟、闪电鸟，我刚才是迫不得已才用大师球把你们收服，现在你们要守护这里，我也不能强求你们。”小智对着火焰鸟和闪电鸟说道。