作者：纳米核心
当然，这么做的后果就是，一旦他被使徒病毒感染，那他就会被立刻剥夺EVA适格者的身份，再也无法坐上初号机。
说实话，就碇真嗣本人来说，他是不在乎什么使徒病毒不病毒的。
虽然在一开始被这种微生物形态的“使徒”给吓了一跳，但是当他从赤木律子博士那边得知了这种病毒的特性与感染后的情况后，他就不再对其有任何担心了。
且先不管他的体内莫名升起的对这种病毒的“食欲”，单就是他以自己的灵魂力量激发出来的A.T.力场，就能保证他在外出时不会被病毒感染。
可问题是，他一个纯种的人类却能用出A.T.力场来，这就已经是最大的异常了，除非他立刻就要和NERV翻脸，否则碇真嗣是不可能贸然暴露出这件事的。
但是就这么继续躲在地下吗？ 经历过无数轮回的他，心理素质早已经得到了前所未有的历练，不会像普通人那样在地下待上一段时间就受不了了。
但他同时也认为，单纯地躲是没有用的，在地表世界几乎都已经被使徒病毒覆盖的情况下，他们这些侥幸没被感染的人类不可能永远躲下去。
再者说，经历过不止多少次轮回的他，多少也已经看出来了，这一次的轮回貌似出了些问题，那所谓的“使徒病毒”，到底是不是使徒都还是两说呢…… “或许，跟之前那个人形‘使徒’有关？” 不知怎的，碇真嗣直觉地联想到了那个抢了自己第一次出场戏份的未知人形使徒——在他的感觉里，这一次轮回从那个家伙出现开始就完全走样了。
不但他正式的第一战被抢走了全部风头，甚至连出场机会都没有了，后来更是直接被使徒病毒给逼得回不了地面，本应在前段时间就出现的真正的第五使徒也不见踪影…… 原本每一次轮回都大同小异的经历被彻底打乱了，有时候碇真嗣甚至会觉得，那个神秘的人形使徒，以及后续引发的一切变化，会不会是那个不知道在哪里的“神”看不过去他一直这样徒劳地轮回，特意派遣下来打破僵局的使者呢？ “如果……要打破僵局的话，或许彻底离开初号机也是一个选择？” 心中回想着从赤木律子博士那里得知的、关于人体被病毒感染后产生的变化，碇真嗣有些跃跃欲试——如果他在这一次轮回彻底抛弃“EVA驾驶员”这个身份，而是以自己的身体、自己的灵魂、自己的力量去面对一切，最后的结局是否会有所不同？ 毕竟，数也数不清次数的轮回下来，碇真嗣就算再迟钝也早已经了解了，在自己父亲的计划中，初号机的重要性可以说是第一位的，甚至比他这个亲儿子还要重要！ 而在过去的几乎每一次轮回中，碇真嗣都或被动或主动地坐上了初号机，最终在各种各样的情势引导逼迫下，走向了他所不愿意看到的结局。
少有的几次，他决心放弃驾驶初号机，但势单力孤的他在汹涌而来的大势面前，也只能像是不甚高明的游泳者，徒劳地在浪潮中挣扎扑腾、随波逐流，最终依旧是一事无成，只能看着事情往最坏的结果发展而去。
就算后来他领悟到了如何运用自身灵魂的力量，开发出了能干涉宏观物质的A.T.力场，但以他的人类之躯，顶多也就只能以这微弱的力场防一防手枪冲锋枪之类的轻武器，连口径大一点的狙击步枪都防不住——这都还是他将A.T.力场集中到一个面上才能发挥出来的效果。
这样的他，在与小队武装人员的战斗中或许能占得上风，甚至战斗技巧娴熟以后还能玩一把超能力无双，但面对着一般体型就有上百米高的使徒与EVA……这点力量有跟没有也没多大区别。
然而，现在却不同了，碇真嗣眼前出现了一个从来没有出现过的选项——接受那或许隐藏着未知危险的使徒病毒，以此获得S2机关这种永动能源，将他那不上不下的A.T.力场强化到可以与使徒正面对抗的程度！ 这对一般人来说或许是天方夜谭，毕竟普通人即使获得了S2机关觉醒了A.T.力场，也几乎不可能将其提升到能与使徒媲美的程度。
但碇真嗣是不同的！ 自从在最初的那一次轮回中被外力推动着完成了人类补完，碇真嗣的灵魂就已经发生了质变，从原本那浅薄弱小的人类灵魂，升华到了相当于使徒……不，是远远超越使徒的等级，最后甚至能够凭借自己的意志穿梭时空——或者说开启全新的时间线，从此进入了无止境的轮回。
原本碇真嗣受限于自己那脆弱的人类肉体，除了那原理不明的时空轮回之外，根本无法发挥出他那庞大灵魂的力量，就如同亚当与莉莉丝的灵魂被剥离本体塞进人类的躯体中后也失去了绝大多数力量一般，空守宝山却只能动用其中的分毫。
但现在，只要他走出这个地下都市，无防备地回到地表，任由那些使徒病毒侵染自己的身体，他就能将自己那无比庞大的灵魂力量解封出一部分，一跃成为能与使徒、EVA正面交战的强大战力！ 如此一来，不再是初号机驾驶员的他将直接脱离某些阴谋家给他写就的剧本，但他又同时保留了能直接干涉战局的强大力量，可以说一下子就转换了局面，拿到了一直未曾到过他手中的主动权！')498'>第四百九十七章 似乎……玩脱了？
“……这样真的没问题吗？” 看着碇真嗣离开的背影，如同影子般立在碇源堂身后的冬月副司令开口问道。
“没问题的，虽然没有经历过实战，但是他驾驶初号机时的精神信号已经被记录下来了，等到DUMMY SYSTEM（傀儡系统）彻底完成了，就算没有他这个驾驶员也没关系！” 碇源堂那隐藏在深色墨镜后的双眼中看不出任何情绪，语气更是平淡，仿佛刚刚离开的并不是他的儿子，仅仅只是一个好用的工具而已。
“那如果在此之前有新的使徒出现呢？”曾经的老教授继续问道。
“让丽出击就行了！” NERV的总司令没有迟疑就给出了答案。
“……万一丽驾驶的零号机无法战胜来袭的使徒呢？” 冬月副司令似乎并不想放过对方，继续追问道。
“那就证明我们人类的确是无可救药的失败者，一切都将迎来最后的终结！” 没有情绪波动的声音从这个仿佛钢铁般强硬冷漠的人口中说出，让还想继续说些什么的冬月副司令只能无奈地闭上嘴，无声地叹了口气。
…… 另一边，原本正在继续搜寻使徒的方元，突然感应到自己的使徒病毒网络中突然多出了一个灵魂力量无比强大的个体，顿时惊愕地停下了手中的工作。
然而，还不等他继续深入了解这个突然冒出来的特殊个体，这种感应就被对面单方面切断了。
越发感到惊奇的方元立刻调出了[以太]中记录下来的病毒活动感染记录，确认了刚刚非正常断线的特殊存在，居然是本世界的主角，碇真嗣！ “……这小子会被病毒感染我并不奇怪，但是这强到离谱的灵魂强度是怎么回事？还有，他居然能切断使徒病毒之间的信息网络？难不成这个世界的碇真嗣又发生了什么意料之外的变化吗？” 方元翻来覆去地看着那只持续了短短几秒钟的联网信号，试图从中找到一些有用的线索。
但是很可惜，到最后方元也只能确定一点，这个世界的碇真嗣，其灵魂强度从某种程度上来说甚至已经超越了他的本体！ 方元心中升起了一丝不妙的预感，这个碇真嗣貌似不是正常世界线上的碇真嗣，而是不知道因为什么原因超进化了的超级碇真嗣，那比使徒还要强上许多倍的强大灵魂，再配上他散播出去搭载了S2机关的使徒病毒…… “……妈蛋，我不会又玩脱了吧？” …… “这就是所谓‘使徒病毒’的真相吗？” 来到地面的碇真嗣深深地吸了一口外界的空气，满不在乎大气里蕴含的无数使徒病毒就这样被吸入体内。
借助已经锻炼到某种极致的A.T.力场感知着这些纳米级生命体的结构，少年赫然发现，这被NERV的高层忌惮不已的所谓“使徒病毒”，本质上就是一种活性化了的、能自我复制自我繁殖的S2机关！ 虽然其上被添加了许多暂时不清楚有什么功能的额外结构，但是只要他想的话，随时都可以把这些使徒病毒中最重要最根本的S2机关单独剥离出来，然后把其他部分给分解抛弃。
换句话说，无论这种使徒病毒中有没有藏着任何危险的后手，对碇真嗣来说，它们都只是能为他增加体内S2机关含量的大补药，只有百利而无一害！ “不过，虽然对我来说没有害处，但是不知道对普通人又会不会有什么隐患呢？” 碇真嗣在脑中描绘着自己感知到的病毒结构，却根本没办法确认这些额外添加的结构究竟有什么用处。
这时候的他，真的有些懊悔，自己在过去那么多次的轮回中为什么就不多读一些书，尤其是生物科学方面的——如果他能把那无数轮回中的时间，花个百分之一在相关科目的学习上的话，他早就已经成为那个领域的专家了！ 但是这世界上没有如果，虽然他拥有着类似于时间回溯一般的神奇能力，但是在一次轮回完成之前，他是不可能回到过去的，浪费的时间就是浪费了，他现在临时抱佛脚从头开始学又有些太迟了…… ——这真真是书到用时方恨少啊！ …… “啧！这个世界的碇真嗣，果真有些问题啊！” 方元悄无声息地入侵了NERV的系统，调出了这段时间以来所有关于碇真嗣的行为记录与相关录像，然后立刻就发现了不正常的地方。
首先，在言行举止方面，这个碇真嗣比起原剧情中的那个小受窝囊男主，要沉稳得多，也成熟得多！ 根据NERV隐秘资料库中记载的心理侧写分析，这个世界的碇真嗣虽然幼年丧母，之后又遭受了父亲的长期忽视，他的心理健康问题却远未达到原著里那种重度自闭的等级。
方元又搜出了NERV对碇真嗣的长期监视报告，也确认了他幼时并没有在深山里遇见一个神秘的师父拜师习武，也没有经历过整日里和熊打架的劲爆童年，因此可以排除对方是另一个片场乱入过来的可能性。
再看到碇真嗣在第一次登上初号机时就高达80%以上的同步率，方元心中也隐隐有了一个猜测——这家伙该不会和他一样，都是从未来穿越回来的吧？ 不，不对！ 方元想到了曾经看过的某个人气很高的eva同人漫画，貌似这个碇真嗣的情况和那个漫画里的设定有些像啊！ 时间线重置、又或者是平行世界穿越，方元脑中闪过了这两个概念。
如果他猜测得没错的话，那他眼中的这个碇真嗣可就不是一个普普通通的自闭少年了，而是一个经历了人类补完、获得了“神之权能”的超越者！ “嘶——！” 方元长长地吸了一口气，强行让自己冷静下来。
不要慌，不要乱！ 这只是一个猜测而已，需要验证！ 他这么告诉自己…… 摔——！ 砰！ 一把将手中临时炼制出来的平板砸在地上摔了个粉碎。
“这还需要个毛的验证啊！这个见鬼的灵魂强度已经说明了一切啊！” 方元皱着眉头，神色难看至极：“这次搞不好真的要搬起石头砸自己的脚了……”')499'>第四百九十八章 碇真嗣，出击！
几乎确认了这个世界有着一个能逆转时空或者跳跃时间线、甚至还有着其他更加可怕的未知权能的主角后，方元的心情就变得十分不美好。
这也是难怪的，他之前的一切计划，都是基于这个世界是基本符合原剧情的假设。
而现在，基于原剧情这一点大概确实是没错的，但却没想到这个“原剧情”可未必一定就是指的原作，也有可能指的是同人作品啊！ 就是这么一个疏忽，让方元等同于亲手造出了一个不在他掌控中的超强战力——天知道补完后灵魂强度强到离谱的碇真嗣，在搭配上足够强大的S2机关核心后究竟能强到什么程度！ 这还是没考虑对方还有没有别的什么更加可怕的力量的情况，要是对方其实不是时间线跳跃或者逆转时空，而是更加可怕的唯心化界、幻想创世的话…… 啧！不敢继续想下去了！ “不行，再这样浪下去就太危险了，还是先苟一段时间看看情况吧……” 本以为自己能彻底浪一次的方元又重新拾起了被他扔到地上的“苟”之精神，从心的低调了起来。
…… 而就在这之后没多久，被方元心心念念了好一段时间的真·第六使徒（即旧版第五使徒·雷天使），终于出现了。
但是这一次，因为忌惮那个不清楚到底有多强的碇真嗣，方元并没有提前出手将这只使徒给捉走。
——他确实能屏蔽科技设备对全球各地的监控画面没错，但是却不可能屏蔽得了A.T.力场之间感应。
他相信，获得了S2机关，又拥有神级灵魂的碇真嗣，有很大概率能感应得到现身的第六天使，这让方元“瞒着全世界所有人悄悄捕捉完所有使徒”的作战根本行不通了！ 所以……他必须转换策略了！ …… 第三新东京市，地下大空洞，NERV总部。
刺耳的警报声再度响起，时隔一个多月后再度来袭的使徒，让这个因为一系列变故而显得有些士气不足的基地再度忙碌了起来，所有人都将全部精神放在了眼前的战事上，无瑕再去思考那些有的没的了。
“监视对象侵入小田原防卫线——” “未确认飞行物体的分析完毕——” “模式为蓝色，确认为使徒！” 看着巨大屏幕上弹出来的探测结果，抱胸而立的葛城美里却丝毫没有意外——看着监视画面上那绝对不可能自然形成的巨型蓝色正八面体不明飞行物，除非是外星人突然驾驶飞船降临地球了，不然这只可能是使徒了吧！ 嗯，虽然严格意义上来说，所谓的使徒的确可以算作是外星文明的一部分就是了…… “话说，我们该称呼其为第六使徒还是第七使徒？” 与碇源堂一同乘坐升降梯进入到指挥所的冬月副司令如此说道。
他的问题并不是在开玩笑，在发现了使徒病毒并没有产生任何可见的危害，也没有试图强行入侵NERV总部之类的行为后，有很多人都认为不应该把其视为一个独立的使徒，甚至有人还认为它是与预言中的使徒对立的，站在人类这一边的超凡存在送出的礼物（居然真相了……），应该从使徒列表中删去。
因此，如果把昙花一现般的方元当作第五使徒的话，这个新出场的使徒应该是第六使徒才对，而不是按照惯例顺延下来的第七使徒。
“哼！我可不是那些天真的家伙！不管怎么说，使徒病毒就是一个特殊的使徒，我也不会把它从使徒列表上除去！这个新出现的，就定名为第七使徒吧！” 一边说着，碇司令一边走上自己的指挥位，坐在了座位上。
“让零号机出动吧！初号机的DUMMY SYSTEM也立刻开始试运行，随时准备出击！” 他下达了命令——在碇真嗣不愿意继续搭乘初号机的情况下，也只能这么安排了。
…… “零号机，发射准备——” “换装对空迎击武器——” EVA发射准备区域，已经进入发射位的零号机被固定架固定着，屹立于平台之上。
已经进入零号机内部的驾驶员，那如同人偶般美丽的、名为绫波丽的少女，此时正在驾驶舱中安静地等待着即将到来的战斗。
她不知道为什么初号机的驾驶员会突然放弃适格者的身份，她也没有想过要去了解——在这条世界线上未曾与碇真嗣有过太多互动的少女，此时还只是一个只会遵从碇源堂命令的傀儡，除了碇源堂以及碇源堂下达的任务之外，其他的什么都不会关心。
然而，就在她操控着零号机握住适应EVA体型的超巨型步枪，即将被发射到地面参与战斗时，通讯中突然传来了葛城美里满是惊愕的声音—— “怎么会？这是真嗣君？！！” …… 回到指挥所，在大屏幕的画面上，已经入侵到芦之湖的使徒前方，突然出现了一个看上去格外渺小的身影。
不过与众不同的是，这个身影，是悬浮在半空中的！ 当葛城美里要求操作员放大画面，看到了那个身影的面容时，顿时惊呼出声：“怎么会？这是真嗣君？！！” “这是……A.T.Field？他才离开地下基地几天？居然就能激发出来了？” 赤木律子同样露出了惊讶的表情，不过她惊讶的地方好像有些问题…… “现在不是说这些的时候吧！”葛城美里毫不留情地吐槽着身边这个科学狂人那不正常的思维回路，既惊骇又抓狂地说道：“激发出A.T.Field什么的都无所谓！真嗣君他想要做什么？他为什么会出现在那里？他难道是想以肉身单挑使徒吗？！” “……恐怖就是这样没错！” 赤木律子沉默了一瞬，如此说道。
“目标内部发现高能反应！” 这时，旁边的情报分析官大声高喊着发出了警报。
“什么？” 葛城美里惊愕地转过头，然后又一脸紧张地看向大屏幕。
画面中，那原本呈正八面体外形的使徒突然一阵让人眼花缭乱的变形，无数以正方形为横切面的矩形方块堆叠成上下两个部分，露出中间的红色核心，一道无比耀眼，无比灼热的高能射线，瞬间向着其前方的那个渺小身影疾射而出！ 而挡在使徒前方的碇真嗣少年，则是在这一瞬间睁开了双眼，双手前伸作阻拦状—— “A.T.Field，全开！” 第三更完成')500'>第四百九十九章 接下这一炮，我们就是朋友了……诶，没接住？
“A.T.Field，全开！” 就在那无比耀眼无比灼热的高能射线即将吞没少年那渺小的身躯时，一道散发着正八边形波纹的无形屏障挡在了他的身前。
轰——！！！ 这一瞬间，整个第三新东京市都笼罩在了灼眼的闪光与剧烈的震动之中。
一口气贯穿了十多栋高层建筑的高能射线，在撞击到碇真嗣身前那道薄薄的A.T.力场时，却仿佛撞击在坚不可摧的叹息之壁上一般，再也不能前进一寸，只能徒劳地顺着屏障展开的平面向外扩散，摧毁了沿途的一切人造建筑乃至大地土石。
而与之相对的，那道看上去只有区区一层的A.T.力场，则是除了闪烁着出现的八边形波纹更加密集之外，却连半点破碎的迹象都没有。
——虽然获得S2机关才仅仅只有几天，虽然体内那庞大至极的神级灵魂也仅仅只解封出了极小的一部分，但此时此刻的碇真嗣全力展开的A.T.力场，赫然已经达到、不，是超越了初号机暴走时的水平。
“怎么会……这真的是真嗣君？” 第三新东京市地下的NERV指挥室中，葛城美里和赤木律子等人看到被高能粒子炮轰击、却始终毫发无伤的碇真嗣，无不露出了惊愕震撼的表情。
“刚刚真嗣君的A.T.Field指数，已经超过了EVA初号机全功率运行时的数倍以上，真是难以想象，如此可怕的力量，居然是从一个渺小的人类身躯中爆发出来的……” 赤木律子在短暂的惊愕后，紧接着浮现在脸上的，就是更加浓郁的好奇心与研究欲，那几乎放着光的眼神，就差把碇真嗣亲手绑进实验室绑上解剖台了！ “……真想研究看看啊……” 女博士一不小心说出了心里话，立刻引得包括葛城美里在内的一群人投以了异样的目光。
‘绝对不能再让她接近真嗣君了！’——这是葛城美里的想法； ‘这个女人，好危险！’——这是其他龙套职员们的感受。
…… 灼烧万物的能量洪流持续了十几秒钟，在烧毁了靠近使徒一侧的大片人造建筑乃至山石林木后，终于停息了下来。
——使徒已经发现了自己的攻击无法伤害到目标，因此立刻停止了这种徒劳的尝试。
然而，这并不代表使徒就放弃攻击了。
就见由无数矩形方块堆叠而成的使徒再度改变了自身形态，无数方块与棱锥在一番眼花缭乱的变形后，重组成了拥有四个核心的“重炮模式”。
在强大了数倍的A.T.力场推动下，更加强大的高能粒子被约束成型，再度化为一道粗大了十数倍的高能粒子流，射向了碇真嗣所在的方向。
“没用的！” 对此，碇真嗣只是淡定地一伸手，多层A.T.力场堆叠而成的复合防御屏障就出现在了他的身前，再度挡住了粗壮了十几倍的高能粒子射流。
轰——轰隆隆——！！！ 更加剧烈的闪光与震动扩散到了整个第三新东京市，甚至连地下的NERV基地中都有所感知，由此可见这一次加倍威力的高能炮击到底有多么可怕。
然而，就算如此，使徒的攻击也依旧未能击穿碇真嗣的防御。
“我都说过没用的……也罢，就用相同的招式回敬你吧！” 眼见着使徒仍未放弃那徒劳的攻击，碇真嗣一手维持多层A.T.力场屏障，另一只手则是作手枪状，遥遥瞄准了前方的使徒—— …… “发现新的高能反应！这是……碇真嗣君！” NERV总部，能量探测系统再度发出了警报，一块屏幕上，实时显示出了碇真嗣体内以及周身的能量变化——那是比之使徒的高能粒子炮也丝毫不逊色的高强度能量凝聚体，就出现在了碇真嗣用于瞄准的手指前方！ 轰——！！！ 比之使徒的炮击还要强上几分的高能粒子束就这么从碇真嗣的手中发射而出。
而在同一时间，少年身前原本用作防御的A.T.力场，也在炮击发射的那一瞬间化作一道锥形的屏障，套在亚光速前进的高能粒子束前段，如同锐利的枪尖一般劈开了前方源自于使徒的高能粒子洪流，一路逆行而上，直抵使徒的身前。
砰——！ 一声仿佛玻璃破碎般的声响在战场中响起，那是使徒仓促激发的用于防御的A.T.力场被重重击破的声音。
下一瞬，在比之前的两次炮击还要更加耀眼的闪光中，湛蓝色的使徒被比它的身躯还要粗壮的高能粒子束吞没了。
…… “怎么……可能！” 葛城美里用手臂遮着双眼，又竭力想要从双臂的缝隙中看清战场中的情形，但映入眼中的只有因为过度曝光而产生的耀眼白光，画面中什么都看不到。
当光芒散去后，指挥所中的众人抬起头，看向大屏幕上逐渐恢复的画面，却见那只悍然来袭的使徒已经彻底消失不见——与其一同消失的，还有其身后足足上百公里长、数百米宽的巨大沟壑中原本存在的所有物质，都在刚刚那一发无与伦比的炮击中被彻底蒸发干净了！ 葛城美里：“……” 赤木律子：“……” 碇源堂：“……” 冬月副司令：“……” NERV本部的其他所有人：“……” 长久的沉默，所有见到这一幕的人都失去了语言能力一般，半天说不出话来。
许久之后，还是葛城美里最先打破了沉默：“真嗣君……到底变成什么了？” “……天知道呢……或许变成了什么比使徒还要可怕的存在了吧！” 赤木律子从口袋里取出烟盒，抽出一根烟，点燃之后深深地吸了一口，然后说道：“我现在算是明白了，他为什么这么干脆地就放弃了驾驶初号机……原来是打算以他自己的力量对抗使徒啊！” “……使徒病毒……真的有如此强大，不，是可怕的效果吗？居然能将一个人变成比使徒还要强大的……” 葛城美里神色有些复杂地问道。
看到了碇真嗣的非人表现，这个年近三十的女人也在心中燃起了一股火焰，如果她也能……那她是不是就能亲手找使徒复仇了呢？ “……不，强大的应该不是使徒病毒，而是真嗣君吧！” 赤木律子摇了摇头说道：“我们基地里又不是没有感染者，但可从来没有展现出过如此强大的力量……特殊的，其实是真嗣君才对！” 今天白天在买电脑，没时间码字，所以只有两更了，这是第一更。
')501'>第五百章 两位“主角”的初见面
“还好，事情没有到最糟糕的地步！” 在距离战场不远的一处无人建筑中，隐藏了自身全部气息以及A.T.力场波动的方元，全程看完了碇真嗣与使徒的交战过程。
而他在观战中确认的信息，也让原本惴惴不安的他心中猛然松了一口气——这个碇真嗣，并没有强到他对付不了的地步。
——虽然在这一战中，碇真嗣的表现已经比暴走时的初号机还要强上好几分了，但对方元来说，还算不上什么难以对抗的可怕敌人。
不过他也真真切切地感受到，对方体内潜藏着的庞大力量，此时此刻也仅仅只是用出了极少的一部分，但这似乎并不是碇真嗣不想用出全力，而是他的力量被某种无形的限制禁锢封锁着，根本无法发挥出全力。
稍微想一想，方元就明白了，这限制不是别的，正是碇真嗣体内的S2机关数量。
虽然说强大到极致的灵魂，本身就代表着无尽的力量，不需要任何额外的能源就能发挥出伟力，就比如方元通过第三法获得的物质化灵魂，他可没有往自己体内塞什么无限能源，反而是在灵魂物质化、真正接触了不朽的灵魂本质后，才拥有了无尽的生命力与魔力——这与这个世界需要能量才能真正发挥出灵魂力量的设定是完全相反的。
而碇真嗣的灵魂虽然强大，但却并没有达到方元这种灵魂物质化的程度——并不是他的灵魂强度不够高，仅仅只是没有这方面的知识与技术而已。
也因此，虽然拥有着或许比亚当与莉莉丝还要强大的神级灵魂，但碇真嗣却始终受限于物质层面的能量来源，无法将一身深不见底的潜力尽数转化为实力。
就算现如今获得了S2机关，能发挥出比初号机暴走还要强大的力量，但限于时间以及人类身体的限制，其最终能够拥有的S2机关数量也有着极限，还是无法尽数发挥出他的全部灵魂力量。
这也让一直忧心于这个碇真嗣会不会强过头的方元稍微放下了心来，如果只是这种程度的话，他觉得自己应该是不会翻车的…… 嗯，不是应该，是一定不会翻车的！ …… “解决了……” 看着在自己发出的炮击中彻底灰飞烟灭的使徒，碇真嗣长长的舒了一口气，心中更是雀跃——果然，他在获得S2机关之后，一身力量就已经足以匹敌乃至超越使徒了！ 甚至于，他隐隐能感觉到，只要随着时间的推移，自身体内的S2机关增殖到某种极限，他的力量还能再提升个好几倍，无论是使徒还是EVA都不再会是他的对手！ ——就算是第一次轮回中出现过的EVA量产机组团出现在他面前，他也有把握将它们全部打爆！ “不过这还只是个开始！这一次轮回，不知道父亲还有SEELE的计划具体是怎么样的，我除了在NERV之前杀死所有使徒之外，还应该做些什么？还能做些什么？” 借助着之前的剧烈闪光，碇真嗣一边收敛起自己的A.T.力场波动，一边隐藏着身形离开这处必然要热闹起来的战场，同时在心中思考着下一步的行动。
如果只是想要彻底破坏SEELE以及碇源堂的计划的话，他其实只需要继续这样杀下去就行了——杀光所有使徒，杀光所有EVA，杀光所有想进行人类补完的野心家，彻底摧毁NERV以及SEELE，一切就将彻底结束。
然而，其他的或许没问题，就算让他把自己的亲爹给弄死他也不会皱一下眉头，但是对初号机动手……这个碇真嗣真的是办不到啊！ 经过了这无数次轮回，少年也早已清楚了，在那初号机中沉睡着的，是他的母亲——碇唯的灵魂，而在过去的每一次轮回中，也正是碇唯对他这个儿子的无私母爱，驱使着初号机一次次保护着他度过重重难关。
要摧毁初号机，就相当于要他亲手杀死自己的母亲，即使碇真嗣在无尽的轮回中心性变得成熟许多、淡漠许多，但他终究还是做不出这种大逆不道的事！ 但是，很不幸的是，作为人类补完计划最根本的核心，初号机的重要性自是不言而喻，如果不将其摧毁，就算他杀光了所有SEELE与NERV中的野心家，就算他消灭了所有使徒与其他EVA，但只要初号机还存在着，终有一日，会有人重新走上碇源堂等人的老路，再度掀起毁灭人类的可怕灾难。
“所以，我该怎么做？” 碇真嗣试图用他那无尽轮回积累下来的经验与智慧找出出路。
但是很可惜，在过去的几乎每一次轮回中，他差不多都是以扯线木偶的姿态被各路阴谋家裹挟着走到绝路，几乎没多少时间与心思去充实自己，那看似无比漫长的无尽轮回中，他所积累下来的所谓智慧，着实有限得很。